Rastlinstvo Slovenského raja patrí do oblasti západokarpatskej kveteny.
Teplotné inverzie umožňujú výskyt horských druhov rastlín na nízkopoložených
stanovištiach, aj vo výške okolo 450 m. Typickým príkladom je Kortúza Matthiolova, ktorá
zvyčajne rastie v ďaleko vyšších nadmorských výškach.
   
Na druhej strane vyslnené južné svahy vápencových zápolí vo väčších výškach
sú domovom teplomilných rastlín, ktoré normálne rastú na nižšie situovaných miestach.
Ako príklad uvádzame Poniklec slovenský, ktorý sa dostal do znaku Slovenského raja.
   
Na území Národného parku Slovenský raj je evidovaných viac než 900 druhov
vyšších rastlín, z ktorých je 35 druhov plne chránených.